Program studi Ilmu Komunikasi UIN Sunan Kalijaga saat ini tengah bersiap mendirikan pascasarjana (S2) Ilmu Komunikasi. Hal ini dilakukan setelah pengurus program studi Ilmu Komunikasi mendapatkan SK (Surat Keputusan) dari Dekan Fakultas Ilmu Sosial dan Humaniora berdasarkan Keputusan Rektor UIN Sunan Kalijaga Yogyakrta nomor : 93/DSH Tahun 2020 tentang tim pendirian S2 Ilmu Komunikasi prodi Ilmu Komunikasi pada Fakultas Ilmu Sosial dan Humaniora tahun anggaran 2020.